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O sistema de referência e contrarreferência é uma forma de organização dos serviços de saúde, que possibilita o acompanhamento profissional e o usuário do serviço ter acesso a todos os níveis existentes no SUS. Assim, pacientes de alta complexidade atendidos, por exemplo, em unidades básicas de saúde, podem ser encaminhados (referência) para hospitais de alta complexidade. Depois de ter sua necessidade atendida e seu quadro clínico estabilizado, o paciente é reencaminhado (contrarreferência) para uma unidade de menor complexidade, para dar seguimento ao tratamento. A presente pesquisa objetivou analisar a percepção dos trabalhadores de saúde sobre o sistema de referência e contrarreferência, no contexto do Sistema Único de Saúde. Trata-se de um estudo qualitativo, crítico e reflexivo, que utilizou a entrevista semiestruturada para captar o discurso dos trabalhadores que atuam nas equipes da Estratégia Saúde da Família (ESF) e Núcleos de Apoio à Saúde da Família (NASF) em Fortaleza .- (CE),  no período de abril a agosto de 2013. A análise de conteúdo temática possibilitou estabelecer convergências, divergências e complementaridades na análise das informações; tendo como participantes 20 profissionais de saúde que compunham as equipes de ESF e NASF. Para a referida análise, utilizou-se os discursos de enfermeiros, técnicos de enfermagem, dentistas, médicos, fisioterapeutas, fonoaudiólogos e terapeutas ocupacionais.  Este estudo integra uma pesquisa mais ampla denominada “Produção do cuidado na Estratégia Saúde da Família e sua interface com a Saúde Mental: Os desafios da resolubilidade”, financiada pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq.  Os resultados apontam que o funcionamento do sistema de referência e contrarreferência, ainda passa por dificuldades e só funciona quando há empenho pessoal dos profissionais isoladamente. O déficit quantitativo de profissionais para atuar neste serviço também foi apontado como fator que retarda a efetivação do sistema de referência e contrarreferência. Nas unidades básicas a referência funciona razoavelmente. O encaminhamento realizado para a contrarreferência ocorreu através de contato telefônico entre os profissionais dos dois serviços, bem como, a descrição das orientações pela equipe multiprofissional. Conclui-se que a organização dos serviços de saúde necessita ser reestruturada, uma vez que o Sistema Único de Saúde precisa atrelar-se às origens de suas políticas públicas.