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Os Grupos de Aperfeiçoamento da Prática (GAP) constituem a estrutura do Programa de Educação Permanente dos Médicos de Família (PEP) instituído em um Estado da região sudeste. São compostos por 8 a 12 médicos da Estratégia de Saúde da Família (ESF) de uma mesma região de saúde. Utiliza quatro estratégias educacionais adequadas à necessidade de cada grupo, de quatro horas mensais cada uma, dentro do horário de trabalho: a) Plano de Desenvolvimento Profissional (PDP), estimula a autoaprendizagem e busca identificar e criar estratégias para as fragilidades profissionais individuais; b) Módulos de Capacitação com os temas priorizados pelos gestores e médicos; c) Treinamento de Habilidades Clínicas com acompanhamento e avaliação do atendimento clínico; d) Ciclo de Aperfeiçoamento de Prática Profissional (CAPP), pilar da ação educacional, espaço permanente de discussão e proposição crítica da prática, a partir da análise das consultas, eventos, prontuários, dos mecanismos de auditoria clínica e operacional; da discussão de casos clínicos e protocolos. Este trabalho apresenta as imagens e percepções dos médicos e supervisores em relação aos desafios da metodologia do PEP. Realizaram-se entrevistas com coordenadores das instituições executoras e grupos focais com supervisores e médicos participantes do PEP. A análise de conteúdo explicitou que os desafios se relacionam à necessidade de adequações à metodologia devido às diferentes formações e experiências dos supervisores e às especificidades locais; ao maior aporte teórico-prático dos supervisores para o domínio da metodologia proposta. Encontrou-se, ainda, a dificuldade de adesão dos médicos à metodologia que evitam o momento do treinamento de habilidades por acreditarem que isso aumenta o volume de trabalho, optam por continuar a encaminhar o usuário para a especialidade e demonstram resistência à filmagem de suas consultas clínicas que subsidiariam as discussões nos CAPP. Poucos médicos desenvolvem o PDP, pois não querem expor suas dificuldades e o avaliam como uma forma de supervisão e cobrança, além da dificuldade de conduzirem o próprio processo de ensino-aprendizagem diante da sua múltipla jornada de trabalho, e por não ser uma prática comum na cultura brasileira. Outro desafio é a rotatividade dos médicos na ESF pois demanda a retomada frequente de assuntos já abordados. Em síntese, de acordo com os supervisores, a maior fragilidade do PEP é a utilização de tecnologias importadas.