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As diretrizes da Equipe de Saúde Família têm imposto desafios que giram em torno dos saberes que mediam as práticas de saúde na Atenção Primária e da necessidade de adequação às especificidades de cada território. Para esse enfrentamento têm sido constituídos processos permanentes de formação e qualificação profissional. Nesta perspectiva, um Estado da região sudeste consolidou em 2004, o Programa de Educação Permanente (PEP) para médicos de Saúde da Família, financiado com recursos do tesouro estadual. Este programa originou de uma parceria com faculdades de medicina e a prefeitura da capital do Estado investigado. Este trabalho visou apreender as ideias, imagens e percepções dos sujeitos envolvidos com a implementação do PEP sobre os desafios quanto à organização do Sistema de Saúde e a sua implementação. Foram realizadas 34 entrevistas com coordenadores ou referências municipais do PEP e gestores das Superintendências Regionais de Saúde e oito grupos focais com supervisores, médicos participantes e enfermeiros e Agentes Comunitários de Saúde das equipes as quais estavam inseridos esses médicos. As categorias apreendidas pela Análise de Conteúdo das informações demonstrou que os desafios se situavam no âmbito da organização da Atenção Primária em Saúde (APS) e da gestão dos recursos humanos. No que se refere à estrutura da APS, eles se relacionam à alternância e crises políticas no município; ao desconhecimento do controle social em relação ao PEP o que tem favorecido alguns sinais de resistência ao programa; à pequena valorização da APS associada à inadequada qualificação do gestor de saúde e à sobrecarga de trabalho dos enfermeiros, envolvidos com funções burocráticas. Enquanto que, as questões explicitadas quanto à gestão de recursos humanos se associam à dificuldade de gerenciar o trabalho da categoria médica; à remuneração insatisfatória; às múltiplas jornadas do médico; à não liberação, por alguns gestores, dos médicos com carga horária reduzida para o PEP; à estratégia do day off pela participação no PEP; à pequena valorização por parte do médico quanto ao programa; às diferentes propostas salariais e condições de trabalho entre os municípios e ao vínculo precário desse profissional. Estratégias têm sido constituídas para o enfrentamento desses desafios devido ao reconhecimento do PEP enquanto uma ferramenta adequada para a consolidação da atenção primária com base nos princípios e diretrizes do Sistema Único de Saúde.