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Introdução: A vigilância Sanitária como parte do Sistema Único de Saúde (SUS) desenvolve atividades que se constituem como ação em saúde com função de promoção e proteção não apenas para os consumidores e produtores, mas também do cidadão, além de permear questões políticas, jurídicas e econômicas. A qualificação da atuação da Visa perpassa uma compreensão dos riscos sanitários presentes nas atividades relacionadas às suas práticas que permita planejar as atividades imprimindo resolutividade nas ações. Objetivo: Identificar e discutir os principais problemas encontrados pelo serviço de vigilância sanitária nas farmácias e drogarias em um Distrito Sanitário de Salvador-Ba, a fim de contribuir com o planejamento das ações em Visa. Metodologia: Trata-se de um estudo de caso, qualitativo, descritivo e exploratório. A coleta de dados foi realizada mediante roteiro previamente elaborado, que possibilitou às bolsistas – estudantes da graduação de saúde coletiva, farmácia e medicina da Universidade Federal da Bahia (UFBA) – registrar as irregularidades encontradas nas notificações e autos de infração emitidos pela vigilância sanitária de julho de 2011 a junho de 2012. Posteriormente foram agrupadas as principais irregularidades encontradas nos documentos oficiais e apresentadas para os profissionais de saúde da Visa no sentido de discutir os principais problemas encontrados e possibilitar uma atuação destes profissionais, relacionadas às dificuldades específicas das farmácias e drogarias naquele território. Resultados e Discussão: Foram encontradas 77 tipos de irregularidades diferentes, dentre elas os 12 tipos que se repetiram pelo menos 18 vezes foram selecionadas para o estudo. A maioria das irregularidades encontradas nestes estabelecimentos é referente à segurança e bem-estar dos colaboradores do estabelecimento. Também foram notificadas irregularidades referentes à segurança sanitária dos medicamentos comercializados nas farmácias. O perfil de irregularidades encontradas demonstra a necessidade de uma atuação veemente da Visa em relação às atribuições dos responsáveis técnicos destes estabelecimentos destinados à prestação de serviços de saúde. Conclusão: A proposta do estudo direciona uma atuação mais sistematizada das ações de Visa sobre os problemas específicos relacionados às farmácias e drogarias diante da sua relevância para saúde da população. Propõem-se outras atividades deste gênero para o fortalecimento dos serviços da Visa, e do SUS.